От эпиграфики к 3D-белкам: plugins, skills и MCP sidecars в Google Antigravity

Skills по запросу, rules всегда в контексте, MCP sidecar с Web UI в боковой панели: три слоя вместо одного мега-промпта. Для соло-разработчика с агентом в IDE тот же split, что отделять Cursor rules от тяжёлых процедур и выносить инструменты в MCP; Robina Mirbahar (GDE, AI и Google Cloud) показывает схему на примере Google Antigravity и встроенного Science Plugin v1.3.1.
24 октября 2026 она опубликовала длинный инженерный текст на Dev.to и отдельно подчёркивает: open-source cookbook не продукт Google. Репозиторий RobinaMirbahar/antigravity-science-plugin-cookbook и браузерная 3D-студия на GitHub Pages дополняют распаковку marketplace-плагина plugin/science.
Монолитный промпт ломает агента: три слоя runtime
Mirbahar формулирует боль для coding agent в Antigravity так: десятки научных API, rate limiters, guardrails и 3D-визуализация в одном запросе раздувают контекст (context bloat) и провоцируют hallucinated parameters, модель подставляет несуществующие аргументы вместо детерминированных вызовов.
Ответ платформы, Plugin & Customization Architecture: composable расширения вместо монолитного system prompt. Для читателя, который уже настраивает агентов в Cursor или другой агентной IDE, это проверяемая схема разнесения контекста.
Чем тяжелее домен (структуры белков, клинические API), тем важнее не тащить координаты
.pdb/.cifи ключи в LLM-транскрипт, а оставить агенту CLI, skills и MCP.
Пять опорных элементов Antigravity, переносимых на любой агентный стек:
- Progressive-Disclosure Skills (
skills/*/SKILL.md): в system prompt только YAMLnameиdescription(порядка 40–80 токенов); полный skill до 32 KB подгружается черезread_file, когда задача совпала. - Always-On Rules (
GEMINI.md,AGENTS.md,rules/AGENTS.md): лимит 24 000 байт на файл и агрегатный бюджет 20 000 токенов; при переполнении правила сжимаются до указателей на путь. - Lifecycle Hooks (
hooks.json): событияSessionStart,PreToolUse,PostToolUse,PostInvocation,Stop. - Zero-Leak Credential Protocol (skill
credentials): проверка ключей черезgrep -sq, ввод черезread -s, без утечки секретов в лог агента. - Dual-Process MCP Sidecars:
mcp_config.json(stdio/HTTP MCP) плюсsidecars/*/sidecar.jsonдля Web UI в Auxiliary Pane.
Порядок discovery (от сильного к слабому): workspace .agents/ вверх по дереву репозитория → declared skills.json / plugins.json → global ~/.gemini/config/ → built-in /builtin/plugins/ → global declared JSON.
skill в промпте → краткое описание
skill на диске → полная процедура (до 32 KB)
MCP + sidecar → инструмент + UI, без координат в контексте модели
Science Plugin v1.3.1: разбор, пайплайны и cookbook
Mirbahar ставит плагин из Antigravity Marketplace (customization plugin/science) и распаковывает его в ~/.gemini/config/plugins/science/. В manifest plugin.json зафиксирована версия v1.3.1.
Ключевые находки:
- MCP-сервер
biomolecular_structure_viewer_mcpстартует черезagy-nodeи entrysidecars/biomolecular_structure_viewer/dist/mcp_entry.cjs. - Sidecar UI собран на PDBe Mol* v3.12.0 и Lit v3.1.2 (
ui.html, локальныйserver.cjs). - В bundle 41 on-demand scientific skill, от AlphaFold и ChEMBL до
predictingthepast(Aeneas для латиницы, Ithaca для древнегреческого) и PubMed. - Always-on
rules/AGENTS.mdтребует после вызова MCP sidecar pill-ссылкуsidecar://…вместо статичной картинки в ответе агента.
Пять инженерных паттернов: маршрутизация через rules/AGENTS.md; uv run и PEP 723 для скриптов skills; credential protocol; dual-process MCP+sidecar; domain guardrails (клиническая генетика vs эпиграфика).
Mirbahar описывает пять сквозных сценариев; benchmark в репозитории — examples/multi_domain_science_use_cases.py (uv run).
| # | Сценарий | Цепочка (сжато) |
|---|---|---|
| 1 | Precision Oncology & 3D Pocket Triage | ClinVar → gnomAD → AlphaFold → ChEMBL → 3D Mol* Sidecar (пример EGFR L858R) |
| 2 | Non-Coding GWAS Enhancer Variant Triage | AlphaGenome → UCSC phyloP/phastCons → ENCODE → JASPAR → GTEx |
| 3 | Dark-Proteome Enzyme Discovery | AlphaFold → Foldseek → InterPro → Clustal Omega → headless PyMOL |
| 4 | Clinical Trial Intelligence & Pharmacovigilance | OpenTargets → ClinicalTrials.gov APIv2 → openFDA → OpenAlex |
| 5 | Systems Biology & Ancient Epigraphy | STRING/Reactome и восстановление надписей через Aeneas/Ithaca |
Общий механизм для агентного цикла: skills делят artifact directory одной research-сессии; агент чейнит uv run …/scripts/… и вызовы MCP sidecar, а не пересказывает API из головы. Пятый pipeline связывает системную биологию с эпиграфическим skill: тот же runtime, другой guardrail.
Поверх marketplace bundle Mirbahar выкладывает три стартовых плагина в antigravity-science-plugin-cookbook; установка — копированием в ~/.gemini/config/plugins/<name>.
bio-structural-qc
Mandatory QC перед структурным анализом: hooks.json на PostToolUse для run_command, skill structure-qc-audit с PEP 723 audit_structure.py. Если >30% Cα с B-factor/pLDDT <50.0, агент обязан явно предупредить пользователя. Hook log_reproducibility_audit.py пишет redacted аудит в ~/.gemini/qc_command_audit.jsonl (git SHA, хеши скриптов и данных).
genomics-variant-mcp
Stdio MCP variant_mcp_server.py через uv run; tools score_variant_impact и evaluate_lipinski_ro5 с "eager": true. Subagent clinical-variant-curator.md задаёт research-only framing для модели.
epigraphy-citation-kit
PreToolUse hook и validate_epigraphy.py нормализуют Leiden-скобки в токены Aeneas/Ithaca, режут запрещённые последовательности и дополняют строку до минимума 25 символов для модели.
Дополнительно: examples/scaffold_custom_plugin.py валидирует loader rules и может сгенерировать новый bundle; inspect_installed_plugins.py — инвентарь без дампа тел SKILL.md.
MCP sidecar: инструмент для агента, UI для человека
Регистрация MCP — корневой mcp_config.json плагина (mcpServers → command + args). Метаданные UI — sidecars/<name>/sidecar.json (has_web_ui, restart_policy, entrypoint Auxiliary Pane).
Типичный цикл biomolecular viewer:
- Агент вызывает MCP (
load_structure,highlight_region,annotate_region,get_state). - Sidecar держит WebGL-состояние; пользователь открывает pill
sidecar://science/biomolecular_structure_viewer/ui.html. get_state()возвращает selection и user annotations для follow-up, без загрузки координат в LLM.
В экосистеме Antigravity Mirbahar перечисляет четыре паттерна mcp_config.json: local stdio subprocess; cloud proxy stdio; remote Streamable HTTP с eager: true; HTTP с authProviderType: google_credentials. Про деплой в проде и threat model она ссылается на официальные гайды Antigravity (antigravity.google/docs/mcp, sidecars, plugins, hooks, skills); отдельного корпоративного разбора в её тексте нет.
Интерактивная 3D Biomolecular & Variant WebGL Studio (index.html в репозитории) демонстрирует TP53, Crambin, EGFR+Gefitinib и сценарий Aeneas для латинской эпиграфии: raycast по residue триггерит live annotate_region через MCP.
Тот же split в Cursor: rules, skills, MCP
Mirbahar не сравнивает Antigravity с Cursor или Windsurf. Ниже синтез механизмов из её описания, без утверждений про чужие продукты как факты первоисточника:
- Rules vs skills: держать в always-on слое только маршрутизацию и guardrails; тяжёлые процедуры в отдельных skill-файлах с ленивой подгрузкой (аналогично тому, как в Cursor rules не кладут целые runbooks).
- MCP + UI: инструмент для агента и панель для человека — разные процессы; в контекст модели идут пути и state, не бинарные структуры.
- Hooks:
PreToolUse/PostToolUseкак место для QC и reproducibility, до того как агент «уверенно» продолжит цепочку с битым artifact. - Credentials: отдельный skill с zero-leak протоколом вместо просьбы «вставь API key в чат».
Юридический статус reverse-engineering marketplace plugin и производных cookbook-плагинов Mirbahar не раскрывает; остаётся инженерный разбор и disclaimer о независимом репозитории.
Откройте live-студию или клонируйте cookbook, пройдите один pipeline (oncology 3D или epigraphy) и зафиксируйте у себя тот же split: rules в репозитории, procedures в skills, визуализация за MCP sidecar.
Источники
- Robina Mirbahar — From Ancient Epigraphy to 3D Proteins: Building Plugins, Skills & MCP Sidecars in Google Antigravity (Dev.to, 2026-10-24): Dev.to
- Репозиторий cookbook: https://github.com/RobinaMirbahar/antigravity-science-plugin-cookbook
- Live 3D WebGL Studio: https://robinamirbahar.github.io/antigravity-science-plugin-cookbook